Determinazione della frazione fetale

Determinazione della frazione fetale

La frazione fetale (FF), cioè la quantità di cfDNA fetale rilevata nel campione di plasma analizzato rispetto al cfDNA totale, è un parametro importante da determinare con l'esecuzione dei test NIPT, in quanto a FF molto basse le aneuploidie potrebbero non essere rilevabili, e quindi produrre risultati falsi negativi. 

Per ridurre tale rischio, alcune metodiche NIPT attualmente in uso utilizzano un cut-off del 4% di frazione fetale. A valori di FF inferiori a tale cut-off, viene refertato un risultato non conclusivo a causa di bassa quantità di DNA fetale e viene richiesto un nuovo prelievo.

Il limite di FF≥4% necessario per refertare un risultato è stato determinato utilizzando un modello statistico ^2,4 e non tramite studi di validazione che determinano l'effettivo Limit of Detection (LOD) della metodica NIPT, cioè la più bassa FF alla quale è possibile rilevare una aneuploidia.

Un recente studio ^5,6 condotto da Genoma, ha avuto l’obiettivo di determinare l’effettivo LOD del test Prenatalsafe per la trisomia 21, 18 e 13 e di valutare la performance del test a basse frazioni fetali (<4%) su campioni clinici. 

Lo studio ha dimostrato che le principali aneuploidie cromosomiche possono essere rilevate in modo affidabile dal test Prenatalsafe a FF≥2% (Figura 1). Ciò ha consentito di ridurre l’incidenza dei risultati non conclusivi a causa di bassa frazione fetale, dal 8.7% (se si fosse utilizzato un cut-off del 4% di FF), al 2.2% (utilizzando un cut-off del 2% di FF) (Figura 2). Inoltre, se si fosse utilizzando il cut-off FF>4%, il 23,4% delle aneuploidie non sarebbero state rilevate (Tabelle 1 e 2).

Lo stesso studio ha evidenziato che l’incidenza delle aneuploidie è 6 volte più elevata nei campioni con a bassa frazione fetale (2%<FF<4%) rispetto a quelli con FF>4%. Un aumentata incidenza di aneuploidie cromosomiche, da 4 a 10 volte, è stata riportata anche da altri studi in campioni con risultato non conclusivo a causa di bassa frazione fetale (<4%) (Figura 3) ^7,8. Quindi, utilizzando il cut-off FF>4%, si escludono dall’analisi i campioni a rischio maggiore di aneuploidia.

In conclusione, il valore di cut-off della FF deve essere correlato all’effettivo LOD di ciascun metodo NIPT rispetto alla specifica tecnologia utilizzata.

Lo studio sottolinea l'importanza dell’uso di una tecnologia NIPT capace di analizzare i campioni con bassa FF (2%<FF<4%), per:

• ridurre l’incidenza dei riprelievi;
• permettere rapidamente l’identificazione delle gravidanze ad alto rischio di aneuploidie, con bassa frazione fetale.

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Figura 1: Determinazione del LOD per la Trisomia 21 in campioni di plasma con FF ricostruita sperimentalmente. Il LOD (cioè la più bassa FF con una aneuploidia rilevabile) è evidenziato dalla linea verticale tratteggiata rossa. I cerchi verdi rappresentano i campioni con aneuploidia rilevata; i cerchi rossi rappresentano invece i campioni nei quali l’aneuploidia non è stata rilevata a causa della bassa FF. Il LOD per la trisomia 21 è risultato a FF≥2%


Figura 2: Distribuzione della frazione fetale nei campioni investigati nello studio con protocollo FAST ^4,5


Figura 3: L’incidenza delle aneuploidie aumenta da 4 a 10 volte nei campioni a bassa frazione fetale. Utilizzando un cut-off del 4% per la FF, si escludono dall’analisi i campioni a rischio maggiore di aneuploidia. Chiedere un nuovo prelievo aumenta i tempi di diagnosi di eventuali aneuploidie e risulta efficace in circa il 50% dei campioni rianalizzati.


Tabella 1. Aneuploidie rilevate mediante analisi del cfDNA fetale e risultati del follow-up mediante diagnosi prenatale invasiva. Utilizzando un cut-off del 4% per la FF, il 23,4% delle aneuploidie non sarebbero state rilevate.

Bibliografia
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